在家禽養殖業中，微生態制劑的應用，有的效果顯著，有的則不甚理想，甚至看不到明顯效果，究其原因不外有以下幾方面的因素。   

    3.1菌種  對于作物，良種能增產。對于動物，如狗，優良品種狗比普通狗價值高幾十倍，甚至百倍。但作為微生態制劑的菌種是否優良，則往往被忽視。并不是所選的菌種都能產生理想的生態效應，就好象不是任何種子都能增產一樣，因此菌種的來源和篩選十分重要。美國（FDA）規定了40多種菌都可以作為微生態制劑的選用菌種。我國農業部正式批準生產的菌株主要有蠟樣芽胞桿菌、枯草桿菌、乳酸桿菌、糞鏈球菌、噬菌蛭弧菌和酵母菌等。規定的這些菌種只能提示給人們可以用或準許用，但對其應用效果尚有諸多因素。   

    3.1.1 菌種的選擇  菌種是產品質量的基礎。微生態制劑的生命力，全賴于其所選菌種及菌種間相互配合是否嚴格按微生態學規律精心篩選和制備。由于宿主的正常菌對本宿主（包括人或動物）有其特異性，因此選擇微生態制劑的菌種要求利用本動物體內所分離的菌種，因為本動物的菌種對其宿主腸道有較強的粘附性，對其他宿主則表現低粘附性或不粘附。研制微生態制劑，所用菌種對腸道粘附力的高低應作為篩選菌種的重要指標之一。從本動物分離的菌株，由于該菌株經過長期的歷史進化過程與宿主形成了供體和受體的共生關系，作為家禽其解剖構造和生理體溫與其他動物不同，從其他處（包括人、動物、植物、土壤）分離的菌種，很難在家禽體內存活，更談不上較強的粘附力，以及與致病菌爭奪附著點。因此，菌種的選擇，對家禽微生態制劑的應用效果至關重要。   

    3.1.2 菌種的種類  作為家禽用的微生態制劑，選擇菌種的種類要多些，因為腸道本身是多菌種的，而且要選擇在消化道中占據優勢的種群，這樣才能通過種群競爭，使制劑在體內占據優勢。另外，作為復合菌劑，細菌種類的組合及配比都要經嚴格的科學實驗，就像中藥組方一樣，藥性相同，用量不同，也會得出不同的效果。   

    3.2活菌含量  活菌含量是產品質量的關鍵。微生態制劑必須含有一定量的活菌，才能達到預期的效果。我國農業部對不同種類的微生態制劑，規定了其最低活菌含量，芽胞桿菌≥5億個/g、乳酸桿菌≥1000萬個/g、糞鏈球菌≥200億個/g、混合制劑不少于50億~100億個/g，在應用微生態制劑時一定要注意量效關系。   

    3.3制劑的穩定性  微生態制劑隨著保存時間的延長，活菌數量逐漸減少，這意味著其作用逐漸降低，如何保持微生態制劑中活菌的穩定性是研制和生產中面臨的實際問題，影響穩定性的因素主要有溫度、濕度、酸度、機械、營養等。美國將益生菌用β-葡聚糖微囊化制成微生態制劑，在室溫下能保存36個月，對活力無影響。人醫用微膠囊或膠囊劑型的凍干菌粉。在動物養殖業中，由于技術和設備投資方面尚較滯后，不過有前車之鑒，微生態制劑的穩定性也會逐步解決。   

    3.4應用時效   根據筆者應用微生態制劑對家禽的臨床防治經驗，微生態制劑宜在早期應用、幼齡期應用、應激期應用效果最明顯。早期應用是指幼雛出殼后及應激期早期使用，使有益微生物先入為主，形成優勢菌群。家禽幼齡期應用是由于家禽在幼齡期尚未完全建立起由正常菌構成的腸道屏障，且幼齡期免疫力較弱。家禽在成年期已建立起腸道菌群屏障，并具有一定的免疫能力，如此時無菌群失調癥，成年家禽應用微生態制劑效果相對較差。應激期應用是由于應激會造成消化功能紊亂和菌群失調，此時應用往往取得滿意效果。   

    3.5 適宜劑量   家禽用微生態制劑的效果，是通過有益微生物施用劑量來實現的，只有達到一定的量，而且維持一定的時間，才能形成菌群優勢，取得生態效應。   

    3.6 應用針對性   家禽微生態制劑有的用作飼料添加劑，有的用于防治疾病，不同用途，其菌種及配方比例不同。用作飼料添加劑的微生態制劑目的是促進生長，提高飼料利用率，多用芽孢桿菌、酵母菌等制成；用于防治疾病的微生態制劑多用乳酸桿菌、腸球菌等產酸能力強的有益微生物。   

    3.7聯合用藥   家禽微生態制劑不要與抗生素、殺菌藥或具有抗菌作用的中草藥聯合使用。有的用篩選出的耐藥益生菌制成微生態制劑后與抗生素聯合應用，筆者認為，為避免耐藥性質粒的轉移及耐藥菌株的泛濫，建議不與抗生素聯合應用。但在家禽患病嚴重時或急性期，可先用抗生素消炎、殺菌，后用微生態制劑調理。    

    微生態制劑可與寡糖類聯合應用，寡糖類碳水化合物，能有效地刺激腸道有益微生物的增殖，能阻斷有害菌對腸粘膜的粘附。微生態制劑還可與含多糖的中藥或從中藥中提取的多糖聯合應用，如與黃芪多糖、茯苓多糖、云芝多糖、枸杞多糖等。這種聯合用藥能增強微生態制劑的藥理作用和生態效應。